Somerniemen kappeliseurakunnan tarkkaa syntyajankohtaa ei tiedetä, koska suoranaista perustamisasiakirjaa ei ole löydetty. Kirkko rakennettiin vuonna 1682, mutta itse seurakunnan perustaminen oli 13-vuotinen tapahtumasarja, joka päättyi vasta 1695 ensimmäisen papin muutettua asumaan Jakkulan virkataloon.
Someron seurakunnan itä- ja kaakkoiskulmalla, jota kutsuttiin Ylistaron seuduksi, syntyi 1600-luvun loppupuolella yhteistoimintaa, joka johti oman saarnahuoneen rakentamiseen. Rakentaminen tapahtui ilman piispan ja kuninkaan lupaa, eikä rakennuksella ollut aluksi vihityn kirkon asemaa. Kappelikirkon rakentamisessa ja kappeliseurakunnan perustamisessa oli Palikaisten kartanon omistajilla keskeinen rooli. Tästä selvimpänä osoituksena oli rakennuspaikka Painionjärven rannalla vesiyhteyden päässä kartanosta. Mikäli rakennuspaikan olisivat päättäneet talolliset, olisi kirkko pystytetty keskeisemmälle paikalle Ylistaron kyliä. Todennäköisesti paikaksi olisi valittu Oinasjärven, Jakkulan tai Keltiäisten kylätaajamat. Kartanon ja kappelin keskinäistä suhdetta kuvaa myös se, että Palikaisten kartanon vanhan rinnakkaisnimen perusteella kappeliseurakunta sai nimekseen Sommarnäs -Somerniemi, joka syrjäytti Ylistaro ja Naara nimet.
Oma kirkko oli ylistarolaisten tapa ilmaista tarpeensa ja halunsa muodostaa oma kirkollinen alue Someron emäseurakunnan sisälle. Samaa keinoa olivat käyttäneet monet muut kappeliseurakunnaksi pyrkineet kulmakunnat. Ensimmäiset vuosikymmenet olivat vaikeaa aikaa. Maassamme koettiin ankaria katovuosia ja vuosien 1695-1697 aikana kappelin alueella kuoli 149 henkilöä ja nälkävuosien jälkeen väkiluku lienee ollut vain 250. Suuri Pohjan sota käytiin 1700-1721 ja keväällä 1713 venäläiset valtasivat koko etelärannikon ja alkoi isoviha.
Nälkävuosista ja sodasta johtuen ensimmäisen kirkon kunnossapito oli puutteellista ja toinen kirkko rakennettiin entisen paikalle lähelle kellotapulia vuonna 1731. Nykyisen kellotapulin keskihirteen on kaiverrettu vuosiluku 1749, joka on tulkittu sen rakentamisvuodeksi. Asiakirjojen mukaan samana vuonna rakennettiin uusi kellotapuli, mutta seurakuntien historian kirjoittaja Markus Hiekkanen arvelee tapulin rakentamisvuodeksi 1780.
Nykyinen kirkko rakennettiin vuonna 1813 lähemmäksi Painionjärven rantaa. Oma kirkko ja pappila eivät vapauttaneet somerniemeläisiä osallistumasta Someron kirkon ja pappiloiden rakentamiseen ja kunnostamiseen. Varsinkin Someron uuden kirkon rakentamiseen osallistumista 1850-luvulla pidettiin kohtuuttomana ja asiasta kiisteltiin useita vuosia, kunnes kappelin osuudeksi määrättiin yhdeksäsosa eli 2 222 jalkatyöpäivää.
Keisarillinen asetus kunnallishallinnosta maalla erotti kirkollisen ja maallisen hallinnon toisistaan vuonna 1865. Asetuksen mukaan emäseurakunta ja kappeliseurakunta katsottiin tasavertaisiksi ja niistä molemmista voitiin muodostaa oma erillinen kunta. Somerniemellä ja monissa muissa kappeliseurakunnissa oman kunnan muodostaminen nähtiin samalla mahdollisuutena seurakunnalliseen itsenäisyyteen. Kuntakokous anoi jo vuonna 1869 kappelia erilliseksi pastoraatiksi, mutta senaatti hylkäsi anomuksen, koska seurakunnasta olisi tullut väkiluvultaan liian pieni. Tilanne muuttui sen jälkeen, kun Someron seurakuntaan kuuluneet Kaskiston, Suojoen ja Mäyrämäen kylien asukkaat ilmaisivat 1800-luvun lopussa halunsa liittyä Somerniemen seurakuntaan. Senaatti antoi joulukuussa 1901 myönteisen päätöksen seurakunnan perustamisesta, mutta käytännössä se toteutui vasta sen jälkeen, kun Someron kirkkoherran ja kappalaisen virat tulivat seuraavan kerran avoimeksi. Virassa olevien palkkaetuihin kuuluivat tulot Somerniemen kappelista.
Yli kymmenen vuotta somerniemeläiset odottivat Someron kirkkoherran ja kappalaisen vaihtumista, mutta kun mitään ei tapahtunut, syntyi suunnitelma hakea itsenäisyyttä aluksi ilman Someron seurakuntaan kuuluneita kyliä. Tuomiokapituli hylkäsi anomuksen kaksi kertaa, mutta suoraan senaatille jätetty anomus tuotti myönteisen päätöksen 1914. Käytännössä Somerniemen kappeliseurakunnasta tuli itsenäinen seurakunta vuonna 1915, jolloin sen väkiluku oli 1914 henkeä.
Somerniemen kirkkoon tehtiin vuonna 1935 mittava peruskorjaus ja hautausmaata laajennettiin. Sotavuodet 1940-luvulla koettelivat somerniemeläisiä raskaasti ja sankarihautaan siunattiin 102 vainajaa. Uusi ruumishuone valmistui 1953 ja seurakuntatalo 1975. Seurakunnan metsäpinta-ala oli 1900-luvun alussa 173 hehtaaria ja 1990-luvulla 132 hehtaaria. Metsänmyyntitulot olivat merkittävä tuki taloudenpidossa. Artturi Sorsavirta toimi Somerniemen kirkkoherrana vuosina 1930-1967 ja hän testamenttasi yhdessä puolisonsa kanssa koko omaisuutensa Somerniemen seurakunnalle. Testamenttivaroilla ostettiin kirkkoon uudet urut.
Somerniemen kunta liittyi vuoden 1977 alussa Someron kuntaan ja sen seurauksena perustettiin Someron-Somerniemen seurakuntayhtymä, jonka raha-asioista päätti yhteinen kirkkovaltuusto. Seurakuntayhtymän ensimmäinen vaihe vuosina 1977-1993 jatkui Somerniemen seurakunnan osalta ilman suurempia muutoksia. Seurakunnalla oli oma pappi, kanttori ja diakoniatyöntekijä. Oli myös pappila ja sen yhteydessä kirkkoherranvirasto. Kirkkoon tehtiin peruskorjaus vuosina 1979-1980. Merkittävä muutos seurakunnan toiminnassa tapahtui vuoden 1994 jälkeen, kun seurakuntien työntekijöistä tuli yhteisiä ja työntekijöiden asemapaikaksi tuli Someron seurakuntakeskus. Kirkkoherranviraston toiminta lakkautettiin ja pappila myytiin vuonna 2002.
Someron seurakuntaneuvosto teki keväällä 2004 aloitteen seurakuntien yhdistämisestä ja tuomiokapituli määräsi selvitysmiehen tutkimaan hanketta. Selvitysmies piti yhdistämistä parhaana ratkaisuna jo ensimmäisessä tiedotustilaisuudessa. Somerniemen seurakunnan luottamushenkilöt olivat yksimielisesti yhdistämistä vastaan, mutta jäivät vähemmistöön yhteisessä kirkkovaltuustossa. Tuomiokapituli yhtyi selvitysmiehen ehdotukseen ja kirkkohallitus päätti helmikuun viimeisenä päivänä 2006 yhdistää seurakunnat ja lakkauttaa seurakuntayhtymän 1.1.2007. Somerniemen seurakunnan toiminta itsenäisenä seurakuntana päättyi, mutta jatkuu kappeliseurakuntana.
Someron seurakunnan kirkkovaltuusto hyväksyi loppuvuodesta 2007 Somerniemen kappeliseurakunnan ohjesäännön. Kappelineuvostoon kuuluu virkansa puolesta kappalainen ja jäseninä kahdeksan kappelin alueella asuvaa seurakunnan jäsentä. Kappeliseurakunnan tehtäviin kuuluu jumalanpalveluselämä, diakoniatyö ja yleinen seurakuntatyö. Jumalanpalvelus Somerniemen kirkossa pidetään sunnuntaisin kello 13. Perhekirkko, torikirkko, päiväpiiri, raamattupiiri ja juhlapyhien erityistapahtumat ovat osa kappelin toimintaan. Erityisesti lapsia on pyritty saamaan mukaan seurakunnan toimintaan. Kappeliseurakunnalla on oma kirkkokuoro. Somerniemen hautausmaahan haudataan ensisijaisesti kappeliseurakunnan jäseniä ja heidän omaisiaan. Muistotilaisuudet ja muut seurakunnalliset tilaisuudet pidetään Somerniemen seurakuntatalolla.